自我放逐的罗根流浪到日本，失去自愈能力的金刚狼将再度崛起，将于与变异人毒蛇、黑帮等高手正面对决 失忆的金刚狼被一个叫做“禅”（Zen）的神秘男子带到了日本，在那里他博得了忍者组织头领的信任与器重。头领的儿子信玄（Shingen）有两个孩子，女儿真理子和金刚狼一见钟情，而子则是被称作“银武士”的高手。由于银武士是家族私生子，因此他无法成为组织的正式接班人。年迈的头领准备选出下一任领袖，但他并不希望自己的儿子信玄来接手，相反他有意将大权交给金刚狼，忍者组织为金刚狼委派了一名叫做雪生（Yukio）贴身保镖，尽管身为信玄的手下，但雪生还是爱上了金刚狼。但金刚狼真正心仪的确是信玄的女儿真理子。此时真理子在信玄的安排下，要作为筹码嫁给司法部长。以此事为导火索，多方势力齐聚东京，大战即将爆发……
