明治11年，剑心与好友到横滨观光，遇见多名外国水兵调戏一名少女，剑心当场教训了恶徒，出手相助的还有一个剑客，时雨泷魅剑心和时雨英雄相惜，当即引为知交。然而两人都不知对方的身份背景：时雨曾经是佐幕派彰义队的领袖之一；而他当年的同僚兼好友“鬼斩”高槻严达，正是死在剑心的刀下。 剑心的横滨之行还碰上一场骚乱：一群反明治政府的叛乱分子袭击英国使馆，陆军指挥官田母野锐敏领兵前来镇压，但叛乱分子。后来，剑心得知被救的少女名叫高槻朱鹭，这让剑心想起了高槻严达，开始觉得事有跷蹊。 明治政府的日益西化引起民众不满，时雨纠集了这些志士势力。趁英国国宾到访之机，他带兵集结东京，准备在盛大游行的进行期间行刺国宾，再发动“新•维新”推翻明治政府，以慰严达在天之灵。然而，这一切正中了田母野的下怀，在时雨身边的叛徒加治木贞史郎的协助下，田母野打算用一石二鸟之计：将叛军先纵后擒，再趁乱局夺取陆军的支配权……
