冬树和KERORO小队一同去印加帝国的遗迹马丘比丘观光冬树一向喜欢神秘事物，到了那里非常兴奋，而KERORO则依然满脑子想着如何侵略地球他们在那里发现了一个未被开发的古代迷宫，但因为中了陷阱不得不仓皇离开，没能尽兴地探查一番。就在脱离迷宫的一刹那，冬树看到了一个少女的身影。回到东京之后，冬树依然记挂着在迷宫中看到的神秘少女。不料，还没来得及展开调查，强大的敌人出现在了他们面前——外表和KERORO简直一模一样的“暗黑KERORO”。头脑冷静、手腕犀利的暗黑KERORO率领优秀的部下JIVAVA、DORURU和MIRURU，迅速展开了地球侵略计划。面对前所未有的强敌，KERORO小队出发迎击！
